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  主题:武汉新型病毒的宿主到底是什么?蛇\蝙蝠\鼠\水貂? 2020/1/26 11:37:00  
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1  
武汉新型病毒的宿主到底是什么?蛇\蝙蝠\鼠\水貂?
     日前,武汉新型冠状病毒所导致的疫情加剧,国家卫健委已经将这种新型肺炎纳入乙类传染病并启动了甲类防控。在关心如何防控时,人们还在追问这个病毒的溯源动物,即究竟是什么动物传染给人的?
    
     1月22日,医学病毒学杂志《 Journal of Medical Virology 》在线发表了来自中国北京大学等五个单位的研究人员的题为 “在刺突糖蛋白基因里的重源重组可能加速新发现的冠状病毒从蛇到人的跨种传播(Homologous recombination within the spike glycoprotein of the newly identified coronavirus may boost cross‐species transmission from snake to human)” 的学术论文。
    
    
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     论文中,作者总结道:“我们用编码子使用偏向的方法对基因序列的分析结果首次显示蛇最有可能是武汉新型冠状病毒的动物宿主 (In summary, results derived from our sequence analysis suggest for the first time that snake is the most likely wildlife animal reservoir for the 2019-nCoV based on their similar codon usage bias. )”
    
    
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     该论文的发表注定是个吸引眼球的大新闻,因为科学家第一次就此问题给出答案,只是这个答案让人感到非常意外
    
     大家知道,和其它两个导致病毒性肺炎的冠状病毒(SARS和MERS病毒)一样,武汉新型冠状病毒的原始宿主也是蝙蝠。但这些病毒很可能不是直接从蝙蝠传给人的,而是蝙蝠先把病毒传给一种动物,然后这种动物再把病毒传给人,这个在中间起到关键作用的动物也叫中间宿主。比如,SARS病毒的中间宿主是果子狸,而MERS病毒的中间宿主是骆驼。
    
     大家知道,蝙蝠是哺乳动物,果子狸和骆驼也是哺乳动物,人也同样是哺乳动物。也就是说,SARS和MERS病毒的传递是在哺乳动物之间进行的。但蛇不是哺乳动物,而是爬行类。所以这篇论文提到蛇,的确是一个让人意外的结论
    
     好比一个人从武汉出发去北京,如果中间必须转一次车,他最合理的选择是在武汉到北京之间的一站,比如郑州。但如果有人建议他到贵阳去转车,就会让人感到意外了。
    
     当然,这并不是说蛇是武汉新型病毒的中间宿主就完全没有可能。根据谁提出观点就必须提供充足证据的原则,我们再来具体看看作者是如何证明他们的观点的。
    
    
     【这项研究做了哪些内容】
    
     这篇文章的结果不复杂,分为三个部分。
    
     第一部分是比较武汉新型冠状病毒的基因组序列和其它276个哺乳动物冠状病毒基因序列的关系,目的是看看这个新的病毒和谁的关系最近。结果发现,武汉新型冠状病毒的序列和两种蝙蝠的冠状病毒的序列最为接近。这一结果在意料之中,大家已经知道其原始宿主是蝙蝠。
    
     在文章结果的第二部分,作者利用 Similarity plot 分析的方法对冠状病毒的基因序列进行研究,发现武汉新型病毒有一段基因组发生了同源重组,而同源重组的对象却在目前的基因库里找不到。还有,这段同源重组的区域就在刺突糖蛋白基因内部。因为刺突糖蛋白是识别宿主细胞受体的关键分子,所以作者推测这个未知来源的同源重组可能会对病毒的传播有影响。
    
     接下来是关键的第三部分。在这里作者想调查这个新型病毒的来源,他们采用了同义密码子使用偏向的分析方法。
    
     为了帮助读者更好地理解这一点,我需要在这里介绍一下这个方法的原理。大家知道,我们的基因编码不同的蛋白,从DNA到蛋白中间有一个翻译的过程。三个DNA碱基编码一个氨基酸。碱基有A、T、C、G四种,所以三个碱基在一起有64种不同的组合,而氨基酸的数量只有20种左右。所以,经常是几种不同的三个碱基的组合编码同一个氨基酸,至于使用哪一种组合并不是随机的,而是有一定的偏向,这就是同义密码子使用偏向(synonymous codon usage bias)。而不同的物种,比如人和蛇,他们的同义密码子偏向是不同的。
    
     从理论上来说,病毒为了更好地在宿主细胞里生存,那么它最好和宿主有着同样的同义密码子偏向。所以,对病毒和可能的宿主进行同义密码子偏向分析,可以为寻找病毒可能的宿主提供依据。
    
     作者就是这么做的,他们分析了蝙蝠冠状病毒、武汉新型病毒和菜市场可能见到的一些动物(包括蛇、鸡、穿山甲、蝙蝠、旱濑等)以及人的同义密码子使用偏向。结果发现与蝙蝠冠状病毒和武汉新型病毒在同义密码子使用偏向上最为接近的动物是蛇。于是作者认为蛇最有可能是武汉新型冠状病毒的宿主。
    
     随后,作者还留意了用于此分析的两种蛇的分布情况,发现他们在中国南方(包括湖北)均有分布。
    
     以上就是作者为他们的结论提供的证据。那么,这些证据能支持作者的 “蛇很可能是武汉冠状病毒的宿主” 的观点吗?
    
    
     【分析方法有问题,文章结论不靠谱】
    
     当然,我也要为我的观点提供证据,还是来逐条分析。
    
     文章结果的第一和第二部分其实和文章的“蛇很可能是武汉冠状病毒的宿主”观点基本上没有关系,这部分结果也没有什么问题,所以不用讨论。
    
     文章用来支持 “蛇很可能是武汉冠状病毒的宿主” 观点的证据是第三部分的结果。这个结果有很大的问题,甚至可以说不堪一击。
    
     首先在方法上,作者分析各种动物所采用的密码子的数量很不相同,有的动物用了几千万个,而有的动物只用了几万个。这样的分析可能会导致偏差。
    
     就算是密码子数量差异不是问题,这篇文章的结论依然不可能成立。
    
     的确,从理论上来说,病毒为了更好地在宿主细胞里生存,它用和宿主同样的同义密码子使用偏向会好一些。但这对病毒来说并不是必须的,而且这篇论文的结果已经证明了这一点。在文中的第三部分的结果里,作者同样分析了蝙蝠的冠状病毒。但结果却表明蝙蝠的冠状病毒在同义密码子使用偏向上最相似的居然也是蛇,而不是蝙蝠。
    
     还有,假设作者把SARS和MERS病毒以及他们的中间宿主(果子狸和骆驼)也加进来做这个分析,一个可预测的结果是:SARS和MERS病毒在同义密码子使用偏向上最为相似的同样是蛇,而不是果子狸和骆驼。
    
     总之,这个同义密码子使用偏向分析并不适合用来研究冠状病毒的宿主,所以作者的结论也就大有问题。
    
    
     【如何确定新型冠状病毒的宿主】
    
     上面我提到,这篇论文所提供的证据病不能支持 “武汉新型冠状病毒很可能是从蛇传到人” 的结论。但不是说我就完全排除了蛇是中间宿主的可能性,那么如果有人依然认为蛇就是这个病毒的中间宿主,需要提供什么样的证据呢?
    
     首先,需要证明蛇身上有这种病毒。
    
     其次,需要证明这种病毒能够在蛇体内生长繁殖。
    
     最后,需要证明从蛇身上提出来的病毒有致病性(比如用猴子做测验)。
    
     遗憾的是,该文的作者没有去做任何一点,仅凭一些简单的生物信息学分析就得出 “武汉新型冠状病毒很可能是蛇传给人” 的结论。同样遗憾的是,《医学病毒学杂志》居然发表了这样一篇存在漏洞的论文。
    
     的确,在一些急性传染病流行的时候,科学家需要尽快公布自己的研究成果,科学杂志也应该尽快去发表学术论文。但这一切都应该在保存科学严谨的条件下进行,否则带来的将是负面效果。
    
     就拿这篇研究论文来说,它会给公众一个 “蛇很可能就是传染源” 误导,这就会让人们忽略真正的传染源。
    
     最后,也是更重要的,这样的研究会影响公众对科学界的信任。
    
    
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     《向八名“谣言”发布者致敬》半天10万+怎么看?
    
     科学解释:越是无知的人为什么越自信?
    
     戈恩“捉放曹”从棋手变棋子 背后的大国产业博弈
2020/1/26 11:37:00
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2  
这么搞科研,比谣言更可怕
     1、所谓科学家,能不能不要蹭热点~发这种“可能”模棱两可的所谓“论文”?
     尤其是社会影响大的事件,结论一定要严谨求证。
     前天有个顶级专家说“本次肺炎不易感染儿童”,结果第二天就被事实打脸。
     基本情况都还不清楚呢,就发表各种断言、误导大众~~
    
    
     2、我们老百姓科学素养普遍偏低(包括科研工作者,科学素养也普遍偏低:谈谈全民科学素养报告)不会去理性分析一篇粗糙的论文,很多人~包括很多官员~可能连论文是什么概念都不清楚,他们只会要一个结论“蛇是病毒来源”……没法聊了。
    
     3、鼠年,让蛇背锅……
    
     4、感觉论文作者们太急了,这些研究只能算是前期方向,提出了一个假设与结论还不沾边。这么搞科研,比谣言更可怕!
2020/1/26 13:00:55
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3  
新型冠状病毒2018年就发现了?并非同一种
     
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     【新型冠状病毒2018年就发现了?专家:当时发现的和此次发现的并非同一种】
     2018年4月5号,央视等多家媒体曾报道“科学家发现新型冠状病毒”。
     此次武汉发现的新型冠状病毒2019-nCov,与2018年报道出来感染猪的新型冠状病毒,在分类学上不是一个种。
    
    
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     之前就有网民讲:中国甚至世界最好的病毒实验室在武汉,且病毒来源貌似就在实验室周围,他们这个级别的最牛科研机构1个月还不能发现这个问题的传播?怎么解释,疑问。
    
    
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2020/1/26 13:31:14
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建议国家:对农贸市场的卫生及下水道做行业标准
     据中国疾控中心消息,在病毒溯源研究中取得阶段性进展。首次从武汉华南海鲜市场的585份环境样本中,检测到33份样品含有新型冠状病毒核酸,并成功在阳性环境标本中分离病毒,提示该病毒来源于华南海鲜市场销售的野生动物。 ​
    
     武汉肺炎始发地华南海鲜市场照片曝光,触目惊心:
    
    
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     类似武汉新型冠状病毒的事件不是第一次也不会是最后一次。
    
     建议国务院出台文件:对全国规模以上农贸市场的卫生及下水道做出行业标准和科学规定。当前全国县市100%的农贸市场都是污水横流~臭气熏天。尤其是水产、禽类、肉类、海鲜摊档,残渣淤积在下水道发出恶臭。是治病大隐患。
    
     农贸市场的卫生及下水道,应该予以“消防通道”相同级别!
    
    
     记者探访华南海鲜市场:味道刺鼻、动物内脏随地抛弃!
     2019年12月31日,在武汉通报出现27例新冠肺炎病例当天,@新京报 记者曾探访华南海鲜市场。记者发现 ,野生动物交易区卫生糟糕,恶臭弥漫,动物尸体以及内脏随意丢弃。当时,经营户对疫情并不担忧,认为入院患者只是患上了流感。
    
2020/1/27 15:45:15
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冠状病毒de历史记录(第7种冠状病毒)
     1937年,冠状病毒(Coronaviruses)首先从鸡身上分离出来。
    
     1965年,分离出第一株人的冠状病毒。由于在电子显微镜下可观察到其外膜上有明显的棒状粒子突起,使其形态看上去像中世纪欧洲帝王的皇冠,因此命名为“冠状病毒”。
    
     1975年,病毒命名委员会正式命名了冠状病毒科。根据病毒的血清学特点和核苷酸序列的差异,冠状病毒科分为冠状病毒和环曲病毒两个属。冠状病毒科的代表株为禽传染性支气管炎病毒(Avian infectious bronchitis virus,IBV)。
    
     2002年冬到2003年春肆虐全球的严重急性呼吸综合征(Severe Acute Respiratory Syndrome,SARS,传染性非典型肺炎)就是冠状病毒科冠状病毒属中的一种。
    
     2012年9月,新型冠状病毒在沙特被发现,因与非典病毒同属冠状病毒而得名,目前尚未找到医治该病的有效办法。不过沙特卫生部网站上提供了预防该疾病的措施,分别为勤洗手,常开窗,避免用手直接接触眼睛、鼻子和嘴巴,尽量减少前往人群聚集区域等等。2012年9月27日,世界卫生组织(WHO)26日向194个成员国发出新型冠状病毒防御指南,并呼吁全球卫生机构人员上报所有赴沙特或卡塔尔旅行,并患有急性呼吸道感染的病例。
    
     2014年,香港卫生专家排除了它与甲型流感和乙型流感病毒有关的可能性,与1997年出现的H5N1禽流感病毒也没有联系。
    
     2020年1月20日,国家卫健委高级别专家组成员高福院士表示,2019新型冠状病毒是目前已知的第7种冠状病毒。
2020/1/27 18:40:07
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春节全民静下来,开始做深度思考
     中国人的新年往往是热闹非凡,爆竹震天响,走街串巷互相拜年,却遗忘了拜访自己的心,与自己做一次对谈,沉淀下来仔细看看自己的人生,审视一下自己过往的种种,真的是喜乐平和的吗,或者还有很多旧有习惯可以改进、改善。
    
     病毒疫情在春节前的突然爆发,并不是偶然事件,这是大自然给我们每一位中国人敲了一记警钟。
     全民族静下来,是一个国家开始进入深度思考的启示。
    
     现在中国人的疾病,一半是污染造成的,一半是吃出来的。
    
     这个春节,我们都戴着口罩,我们都静坐在家中,这是全民族的一次契机,一个扭转大局的契机!
    
     每个人都请仔仔细细的看一看自己的人生,审视自己的生活方式,审视自己的饮食习惯,审视自己对万物生命的态度。
    
     病毒要依托生命的载体,它的爆发从某个角度看,是为了重新平衡集体意识创造出的物质世界。
    
     当每一位中国人开始净化自己的思想,清理我们的传统认知,审视自己的问题并改善,当我们所有人一起集体转念,意识到“吃野味”的野蛮,和命运共同体,人类也仅仅只是生命的一种载体。
    
     我们宰杀别种生命体,仅仅为了满足自己的口腹之欲;我们破坏自己的家园生态,只为增加物欲。我们是需要自然并赖以生存的物种,我们与万物真正是连接一体的。
    
     世界不需要人类拯救,我们需要拯救的是自己。
     这是大自然给予我们的警钟,也是大自然给我们上的一课。
    
     我们每一个人只有净化自己的意识与认知,才会真正地帮助到疫情发展,保护好自己的家园。
    
     当我们每个人都开始意识到这些问题,内在开始充满慈悲与理解时,行为就会改变,病毒也会慢慢自动的销声匿迹……
    
    
     推荐:疫情之下,做点防骗“独立思考”不要乌合之众的恐慌与狂欢!
    
2020/1/30 18:27:04
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